ラムダ株 (Lambda variant) (6)
Forbsの記事でラムダ株についてDr.William A. Haseltineが日本の研究者がbioRxivに発表したプレプリントをもとに解説していた記事を見つけた。ラムダ株の情報はまだ限定的だが、日増しに多くなってきている。アメリカは南米に近いこともありデルタ株で大変な状況でありながらも警戒しているようだ。
DeepLで翻訳した内容を下に示す。
南米を震撼させている「ラムダ変異株」に注目せよ
出典：Forbs 2021/8/10
It Is Time To Pay Close Attention To The Lambda Variant Now Devastating South America
SARS-CoV-2のラムダ型にもっと注目すべき時が来ている。デルタ亜型がアジア、ヨーロッパ、米国の地域社会を荒廃させている中、もう1つの注目すべき亜型であるラムダ亜型が南米で急速に広がっています。
ラムダ型（C.37）は、早くも2020年8月にペルーで初めて確認されました。当初、ラムダの感染は比較的まれでした。しかし、ここ数カ月の間に、アルゼンチン、チリ、コロンビアでは、Lambdaが主流の亜種となっています。米国では、ほとんどの州でラムダが確認されていますが、まだ普及していません。現在、Lambdaは感染者全体の1％未満ですが、ラテンアメリカでの動向を考えると、今後の動向が注目されます。
ラムダの変異を理解し、その変異が伝染性、病原性、免疫逃避、病原性などのウイルス学的特徴にどのように対応しているかを知ることは、最終的な広がりに備えるのに役立つかもしれません。私たちは以前、ラムダ・バリアントの変異について詳しく説明し、懸念している理由を説明しました。 Kimuraらによる最近の研究では、Lambda Spike (S)タンパク質が調査され、特定の変異のウイルス学的効果についてコメントされていますが、具体的にはT76I、L452Q、246位から253位までの7アミノ酸の欠失です。
木村らは、Sタンパク質の各変異の感染性への寄与を評価するために、これらの変異を単独および組み合わせて導入した。 アミノ酸の変化の一つであるG75Vでは、感染力が低下した。逆に、G75VにT76Iを加えた場合は、G75Vのみによる低下をT76Iが補うことがわかった。(図1）。)
出典：SARS-CoV-2 Lambda variant exhibits higher infectivity and immune
2 resistance Figure.2 E
親のS D614Gでシュードタイピングしたウイルスと比較した感染力の割合
また、L452QとF490Sの組み合わせでも同様の効果が見られた。F490Sでは感染力がわずかに低下したが、L452Qとの組み合わせでは感染力が向上した。研究者らは、Lambda変異体の感染力が著しく高いのは、T76IとL452Qの変異が大きく影響していると結論づけている。LambdaとDeltaの直接比較はまだ広く行われていませんが、疫学的には、Lambdaは、第2波を引き起こしたD614G変異体や、第3波を引き起こしたAlpha変異体よりもはるかに感染力が高いと考えられます。
次に、研究者たちは、ファイザー社のmRNAワクチンに対する突然変異のテストを行いました。下の図に示すように、246〜253位の7アミノ酸欠失、L452Q、F490Sのすべてが中和逃避に寄与しています（図2）。特に、L452QとF490Sは、それぞれ単独では1.22倍から1.38倍の効果で中和から逃れ、タンデムでは1.62倍の効果で中和から逃れることができました。N末端ドメインに特異的なモノクローナル抗体（4A8）による中和を阻害するLambdaの変異は、ドメイン内に存在する246-253変異のみである（図3）。
出典：
ラムダバリアントによく見られる個々の変異および組み合わせた変異を特徴とする疑似ウイルスとBNT162b2ワクチン接種血清を用いて実施した中和アッセイ
パネル内の数字は、D614G Spikeタンパク質に対する中和抵抗性の倍数変化を示す
出典：SARS-CoV-2 Lambda variant exhibits higher infectivity and immune
2 resistance Figure.2 G
NTDを標的とした603NAbクローン4A8の抗ウイルス効果。
以下の図4は、感染性と、ファイザー社のワクチン由来の抗体およびNAbクローン4A8による中和に対する、ラムダ・スパイク・タンパクの各変異の寄与をエレガントにまとめたものです。
出典：SARS-CoV-2 Lambda variant exhibits higher infectivity and immune
2 resistance Graphical Abstract
Sタンパク質上にLambdaの各変異を投影し、その変異によってもたらされる感染力とNAb耐性の変化を矢印で示したもの。赤の矢印は感染力、青の矢印はNAb耐性を示す。右は、2020年7月から2021年春までのLambdaの進行状況を示した年表。
Kimura et al.は、Lambdaがもたらす危険性の一部を理解するための貴重な貢献である。Sタンパク質だけを解析しても、Lambda変異体の可能性を完全に論じることはできないだろう。Lambdaは、オリジナルのWuhan株と比べて、23のヌクレオチドの変化と18のアミノ酸の変化で異なっています。16塩基の変異と11アミノ酸の変異が、スパイクタンパク質をコードするS遺伝子の外側にある（図5）。これらの変化の影響は、感染初期に複製を強化し、自然免疫および適応免疫反応のダウンレギュレーションを改善するラムダの能力の変化によって緩和される可能性がある。このような変化は、組織培養では明らかにならないと思われる。
出典：
ラムダバリアントゲノムのSタンパク質の外部にある一般的な変異。カラーコード：非コードヌクレオチドの変異（赤）、同義的な変異（青）、非同義的な変異（ピンク）、およびそれらに対応するアミノ酸の変異（紫）。
メイヨー・クリニックのワクチン研究グループのGregory Poland博士は、「ある変異体が同定され、集団の中で急速に広がる能力を示したときは、いつでも心配しなければなりません」と指摘しています。南米におけるCovid-19の疫学は、デルタに加えてラムダが米国で広く普及した場合に予想されることを教えてくれます。我々は二重の猛攻撃に備えるよう警告されているのだ。
追記：ブラジルではデルタとガンマが主流であり、ラムダは主流ではない。Federico Gueli氏に訂正していただきました。
