KennyHeadway's miscellaneous notes

雑記のコンテンツを集めて情報発信できるかな

ステルスオミクロン (1)

オミクロンの亜種 BA.2系統について情報を探ってみた。これをDeepLで翻訳してみる。

まだどの程度化はわかっていないが、こうした報告は手掛かりになるかもしれない。

francenewslive.com

 

BA.2についてわかっていることは以下のとおりです。


「ステルス・オミクロン」と呼ばれる新しい亜種は、RT-PCR検査では見えないことが報告されています。専門家は、パニックにならず、警戒を怠らないようにと述べています。最近発見されたCOVID-19亜種は、オミクロン主導で急増するCOVID-19感染者に対し、世界中ですでに懸念されている。この致死性ウイルスの新たな変異が、インドを含む数カ国で見つかっています。これは、BA.2と呼ばれる最新バージョンについてわかっていることです。

 

BA.2亜種

英国の保健当局は、BA.2と呼ばれる最新バージョンで数百人の患者を具体的に確認していますが、国際的なデータでは、比較的急速に広がる可能性があることが示唆されています。

国保健安全局(UKHSA)は、今月最初の10日間に英国で400件以上の感染者を確認し、インド、デンマークスウェーデンなど他の約40カ国でも最新の亜種が検出されたことを示しました。UKHSAは金曜日、現在英国ではBA.1ラインが優勢であるにもかかわらず、BA.2サブラインを調査中のバリアント(VUI)に指定したと発表しました。

研究によると、科学者がオミクロンの変種を発見した場合、そのオリジナル株であるBA.1には、PCR検査で検出されるスパイク遺伝子の「S」または欠失という形で変異が存在することが分かっているそうです。それに気づいたのです。しかし、BA.2亜種は同じ変異を持っていなかったので、「ステルス・オミクロン」と呼ばれるようになりました。

複数の専門家が、PCR検査で亜株が現れると主張している。"BA.2はPCRで検出可能だが、これらの報道は完全に間違っている。使用するPCR検査によっては、BA.1(別のオミクロン)のようには見えないかもしれないが、やはりそうなのだ。良い結果だ、とスイス・バーゼル大学の計算生物学者コルネリウス・ローマーはツイッターで述べた。

 

どこで流行っているの?

一般に「ステルスオミクロン」と呼ばれる亜種の感染例が、イギリスとデンマークスウェーデンノルウェー、インドで検出されています。

特にデンマークでは、12月下旬から1月中旬にかけてBA.2が20%から45%を占めている。luckによると、デンマークでは今週、1日あたり3万人以上の新規感染者を記録し、これは前回の波のピーク時の10倍に相当する。

しかし、デンマーク当局はまた、この時点でBA.2の上昇についてあまり読まないように国民に促した。

政府運営の感染症研究センターであるStatens Serum Insulatesは木曜日の声明で、「最初の分析では、BA.2はBA.1と比較して入院に差がない」と述べている。「このワクチンは、BA.2感染時の重篤な疾患に対しても有効であると予想されます。」

 

インドでの状況

Hindustan Timesによると 1月23日付の報道で、インドはオミクロン亜型のサンプルを530件報告したとのことです。

日曜日、最新の速報として、INSA COGは、これまでの国内のオミクロン症例のほとんどは無症状または軽度であるが、今回の波で入院やICU症例が増加し、脅威レベルが変化していると発表した。ないままであろうと述べた。

「オミクロンは現在、インドではBA.2株がかなりの割合を占めており、新規感染者が指数関数的に増加している複数の大都市圏で優勢である。, S遺伝子脱落型スクリーニングは、高い偽陰性をもたらす可能性がある」とINSA COGは述べている。

「最近報告されたB.1.640.2株はモニタリングされている。急速な拡大の証拠はなく、抗原性逃避の特徴もあるが、現時点では懸念する必要はない。今のところ、インドで症例が報告されている。検出されていない。」INSA COGが追加しました。

 

専門家による講演

科学者や医療関係者は、亜種の検出を受けて警戒を強めており、その出現が今後のパンデミック流行にどのような影響を与えるかを見極めようとしています。

UKHSAのCOVID-19インシデントディレクターであるMirachand博士は、パンデミックの進行に伴い、ウイルスの性質が進化・変異するため、新しい亜種が出現することが予想されると報告しています。

「今のところ、BA.2がオミクロンBA.1よりも重症化するかどうかを判断するための証拠は不十分ですが、データは限られているので、UKHSAは調査を続けています。」とChandは述べています。

フランスの疫学者Antoine Flahaultは、AFPに、「私たちが驚いたのは、アジアに広く分布しているこの亜種が、デンマークで急速に広がったことだ」と語ったと報じています。

「フランスは1月中旬に汚染の急増を予想していました。それは起こらなかったし、おそらく BA.1 が少ない毒性この亜種よりもはるかに多くの伝染性のようだによるものです」彼は観察しました。

「我々は、[亜種]それは感染性と重症度の面でBA.1とは異なる特性を持っているに関心があります。」

ジュネーブ大学グローバルヘルス研究所のフラウト所長は、パニックではなく「警戒」が合言葉だと述べる。「BA.2の場合重症度は古典的な変異体であるオミクロンと同程度です。」

 

車の回転計を後付けしてみる

中古で乗り始めたワゴンRにはタコメーター(回転計)が無い。なので車の回転数がどれくらいなのかが皆目見当がつかない。とはいっても、メーターに表示されているスピード、変速機のギヤの段数、タイヤの直径、それとギヤの減速比から計算で回転数を算出することができることを思い出した。とはいっても、計算式がどうだったかは忘れてしまったのでネットで検索すると、タイヤの直径やギヤ比を入力するとグラフを描いてくれるツールがあることには嬉しくなってしまった。

www.vector.co.jp

RPMSpeedGraphを作成した方には感謝。数字を入力するとグラフを描いてくれる。

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必要な内容は、

  • タイヤサイズ(タイヤ幅、扁平率、インチサイズ)
  • 変則比(ギヤの速数、最終減速比)
  • エンジン回転数(最小値、最大値)

タイヤサイズは、タイヤに書いてある通り。エンジン回転数は型式K6Aのターボなしのもので、検索すれば最大値がわかる。最小値は類推だけれど、アイドリングの回転数かな。変則比も検索すれば情報がゲットできた。私のMH23SワゴンRは4速のATである。

あとはわかる範囲で入力してみるのだけれど、ちゃんとグラフを描いてくれることには感心してしまった。これをみると4速で2,000回転くらいで50km/hということになる。

このグラフの情報からスピードに対する回転数がわかるのだけれど、やはり計器が欲しいのが正直な気持ちである。

 

そこで目についたのが、OBDツールである。

www.amazon.co.jp

Amazonでは、同じようなアダプタがほかにも数多く販売されているが、一番安価なものを購入してみた。このアダプタを車のコネクタに接続して、Bluetoothで情報を送信して、例えばアプリをインストールしたスマホでその情報を受信させてリアルタイムに表示させるという内容である。多少の手間はかかるものの、これで情報がゲットできるのは凄いなと感心してしまう。

なお、このアダプタにはBluetoothで通信するもののほか、Wi-fiで通信するものもあるようだ。比較的少額だったので動かなければ動かないでも諦めることを思っていただけに、動いてくれてラッキーだった。発送元は中国からで、荷物の追跡も日本に入国したときまではトラッキングできた。あと補足で書いておくことは、スマホ用のアプリをインストールしていた8cmのCD-Rが同梱されていた。この中のアプリで使えそうなものを使ってみたところである。

 

実際には、ステアリングの左下にOBDアダプタをつける。エンジンのキーを外してもOBDアダプタをつけていると、LEDが点灯しているので、待機時の電力消費はどれくらいか気になるので、使わないときはコネクタから外している。忘れてつけていてバッテリーが上がらなければいいのだけれども、その辺はちょっと心配なところでもある。

スマホの画面にはTorqueというアプリをインストールして、計器類のレイアウトを自分でアレンジしてみた。

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例えば朝の出勤時、エンジンを始動させた直後は以下のように情報が表示される。

エンジンの回転数が2,000回転近い。ちょうど2,100くらいのところに赤いマークがあるがこれは最大値を意味ているものだと思う。それにしても水温が7℃ということはエンジンが冷え冷えな状況である。

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通勤の距離は5キロ程度で、いわゆるシビアコンディションの部類に入るらしい。エンジンが温まったところで走るのを止めてエンジンを止めてしまうのはあまり良いようではないことを調べて知ったところである。

アプリTorqueで、デフォルトで表示される画面は、下のものがある。回転数、速度、水温の他に加速度、スロットルの開口具合か?あとバキュームという表示もある。いくつも表示させることができる反面、小さく表示される。


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私は回転計を一番大きく、速度計はデジタル表示。水温計は回転計と同じ表示にして、あとは電圧計をデジタル。それとGPSにも対応していて、GPSからの位置情報から速度を算出することもでき、OBD2からゲットされる速度との差も表示させてみた。

水温計が無い代わりに、水温が低いことを示す表示がある。この表示が大体54~55℃で消えることも、この内容を見て理解できた。ちなみにバッテリーの電圧は走行時は14.3Vもあるのだということも初めて知った。通常は12V程度かなと思っていたのだけれど、電圧は其れよりも高い。実はこの話とは別に、社内の照明やランプをLED化しようと思っていて、電圧が12Vと14Vでは2Vも異なるので、その辺のところは考慮する上で重要だと認識できた。

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走りながらスクショを取るのは危ないので、事故を起こさないように細心に注意しているが、本当によくできているアプリだ。

これはレイアウトが若干異なるが、別の日に取ったスクショであるが、エンジンを回した時のもの。まあまあ良く回るエンジンだなと思ってしまった。

到着後は、水温もだいぶ上昇してきた。ただP(パーキング)に入れた時のアイドリング時は1,100回転程で結構高い回転数だなというのが一番強く思った印象である。

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回転数が高いのは、ひとえに排気量が660ccなので前に乗っていたフィットの1.3リットルの半分程度である。フィットは重量ジャスト1トン(車検証にそう書いてあった)であったけれど、このワゴンRは800キログラムである。排気量が小さいし、それだけ重量のあるものを動かすには、エンジンの回転を上げてパワーを出していくということが当たり前なのだということを最近よくわかったところである。

 

中古軽自動車の納車まで

文字数は4,600文字ほど。なんだかんだ書いてしまった。

車検の期限が12月23日までで、12月7日に車検を受ける予約をしていた。年式が古く自動車税だって13年を超えているので15%の重加算が適用される。それを承知であと2年我慢していろいろな事情が解消されたら次の車にしようと考えていたところだった。

車検を通す予定だったが、想定外の修理費用を要することから急遽車検に費やすであろう金額で中古の軽自動車を購入するに至った経緯を備忘録で書いておこう。

私が乗っていたGD1フィットは1,300ccで1,500cc以下のカテゴリー。車両重量はちょうど1,000kgなので重量税は2単位であった。下記のコンテンツのように、13年超えているので税金も重加算される。

www.zurich.co.jp

 

車検前費用見積り

ジャッキアップして主な不具合の個所は2か所あり、左前のブレーキオイルの漏れとエンジンシャーシーからのオイル漏れであった。ブレーキオイル漏れは、その前の車検を受けた後しばらくして駐車場の縁石にタイヤの内側をぶつけてしまい、そのあとブレーキフルードが減ってつぎ足していることから察しがついていた。ぶつけてからモノタロウのブレーキフルード1リットルをこの時までに使い切ってしまったからそれは漏れていることもうなずける。エンジンシャーシーの下のオイル漏れは、説明によるとCVTのオイルの用である。なにか黄色っぽかったがエンジンオイルとは違う気がした。

概算見積は修理費込みで25万円ほどで、実際に車検を受けて不具合が見つかったら周囲をしていくとのことで、かなりリスキーなイベントである。

 

中古車屋へ行ってみた(1)

車検が20万円以上要するとのことで、中古車屋さんに行って実際に見てみることにした。中古車屋さんに行ったことがあるのはST202のカリーナEDを手に入れた時いらい10年以上も経過している。

別の中古車屋さんなんだけれど、車屋さんに足を運ぶことはほとんどないので、勝手がわからない。物を買うのだからスーパーマーケットへ行くのと同じ感覚というわけにはいかず何か身構えてしまう自分がいる。

『今日はただ見るだけ』というスタンスで見に行った。諸費用込みで最大40万円という予算で何が買えるのかということで、あたってみたら、三菱の平成24年式のeKワゴンであった。これが店頭価格が25万円、諸費用が10万円程度で消費税込みで37万円くらいであった。車検が2年ついての価格であるので、金額面ではクリアである。ただ、中古車や軽自動車の知識が皆無なので、見ながら勉強していく感じであった。でもカーナビがついているし、3速オートまで走行距離は7万キロ程度だった。エンジンルームを見たら洗浄しているようで、とても車を大事にしているような感じがした。このお店は整備ができる工場も敷地内にあるし、本店のほかに複数の店舗もある比較的大きなお店である。来週これを購入しようかと思ったくらいいいなと思ってしまった。

 

中古車屋へ行ってみた(2)

翌日、別の中古車屋に行ってみた。ここは軽自動車専門店で、軽自動車がぎっしりと並ばれていた。車両の価格が25万円というのはなかなかなく、程度のよさげな中古車が数多く並べられていた。数台車両価格25万円までのものがあったが別途車検が必要であるとか、なんだかんだで40万円は超えてしまう。最初に行ったお店が基準で見てしまうのもいけないが、割高感が否めなかった。このお店で分かったものは、そんなに安い車は変えないということである。今思えばインターネットオークションで車を買ったことはウェブの情報を頼りに購入するのでその分リスキーではあったが、どうもその基準で物事を考えることはやめた方がよいと思った。割高なお店ではあったが、このお店も見ることで、どういったものがどの程度で流通しているかがほんの少しでも分かったのはよかったと考えよう。

 

家族の知り合いのお店にあたってみた

知り合いのお店とはスズキの販売店(〇〇モータース)である。メーカー直営のディーラではなく、スズキの看板を出してスズキ車を売っている。そこに聞いたらちょうどいま平成21年(2009年)のワゴンRがあるというのである。型式はMH23Sで、年度によっていろいろなバリエーションがある。

www.goo-net.com

新しく車を買った方の下取り車であり、それをどうかということである。年式は12年も経過して車検が2022年の8月までということであるが、走行距離は37,000キロ。これだけの情報では古いということしか浮かばないが走行距離が年式の割には少ない。これは見てみたいなと思い、数日後約束して伺うことにした。

 

ワゴンRと対面した

訪問するまでに時間があったので、仕事の合間にワゴンRを調べてみた。平成21年ということで、変速機はCVTと4ATの両方が存在しており、グレードもFXかFXリミテッドのどちらかであった。概要をネットで学びながら実際の車を見てみたところ、12年経過という割には塗装がそんなに傷んでいなく、内装も古い感じがほとんどしなかった。内心はもうこれに使用とは思いながらも、後日どうするか伝えることで引き取った。

 

対面後に思ったことは

細かいことを言えば、ワゴンRにしてもeKワゴンにしても見た中古車にはタコメータが無い。これはしょうがない。そういう型式なのだから。塗装を細かく見てみると剥げている個所があった。これも年数が経過しているのだから仕方がないし、タッチペンで後で塗ればいい程度に考えている。ワゴンRはリモコンキーのボタンがダメになっていた。これはリモコンが使えないことを割り切るしかないなと思いながらも、ネットで調べるとボタンスイッチの部品が特定出来たり、ボタンカバーも車検証の情報があれば入手できることが分かった。であれば基板からスイッチを取り除いて新しいボタンスイッチを取り付けてやろうと思っていた。エアコンについては一応作動して問題なさそうだったが、ネットで見るとこの型式のワゴンRのエアコンは壊れやすいとか、リコール対象になっていた。今エアコンの不調が無くても来年の夏の車の際にガス補充などやってもらおうと考えていた。

 

結局このワゴンRにしよう

いろいろ考えてもこちらがいいのかなと思い、ワゴンRの購入の意思を伝えて手続きを進めていくことにした。お店の人が言うには、納車は大安が良いと言って、おのずと12月10日に決まってしまった。

 

納車までの1週間。いろいろ調べてみる

名義変更とかお店でやってくれるのはとても助かる。それで久々に住民票を近くの市民センターで取得してその足でお店へ渡したのが12月6日。その後点検整備してお渡しとのことでそれまではいろいろとワゴンRについて調べていた。名義変更ができたら車検証が出来るので、それを保険屋さんにFAXして車の入れ替えをお願いした。そのあとはいろいろとワゴンRについて調べていたが、よく壊れる箇所は以下のサイトのように説明されている。非常に参考になる。

carweakpoints.net

このサイトにはエアコンの故障とか、ドアミラーの格納とか説明されている。

余談で前車の話をすると、GD1フィットはエアコンが全然聞いていない状態だった。ガスが抜けてしまっていると思い単純につぎ足せばいいと考えていたが、車検前見積のときの整備士さんがガスは減ることが無くどこか漏れている可能性がある。足しても減ることがあるから修理するとかなり高くなるといわれて、やらない方が良いと思ってしまった。ドアミラーの格納は前々車MCV21ウィンダムでも、前車フィットでもギアがガーガー音が鳴って格納できない状況に陥ってしまった。ヒューズを外して格納できないようにすれば音が消えるがたためない。それでも音を消せるのであればヒューズを外して良しとした。ウィンダムはそれでOKだったがフィットはそれではダメだった。というのも、一つのヒューズでミラーとヒーターが電源供給されているため、ヒューズを外すと冬場寒くてしょうがない。それは困るということで、ミラーに接続されているハーネスをは外すことを考えた。だけれど、ハーネスを外すとサイドミラーに内蔵されている方向指示器のランプが点灯しなくなるので保安基準にひっかかる。やむなくこれもネットで調べて、ミラーを格納するときの線だけニッパーでプチっと切った。こうした作業は有難いことにネットにいろいろ情報がある。検索次第で意図した情報がゲットできるので、当時も役立った。

 

納車前日に電話が

点検整備最中にエアコンの不調が見つかったようである。でも事前に分かってよかったと思う反面、別途費用追加されたらどうしようというと思いながら、お店の人の進め方を見守ることにした。何が悪かったかといえば、エバポレータを好感しないといけないという話である。エアコンの故障が多いと聞いていたが、起こりうるのだなと納得してしまったが、実際には以下の情報が掲載されていた。

www.suzuki.co.jp

実際にエバポレータを交換すると費用はこれだけ要するようだ。

www.goo-net.com

さらにコンプレッサーまで交換となるとかなり大掛かりになる。

www.goo-net.com

もともと、夏場は通勤で日中車を動かすことは滅多にないので、エアコンを使用することはほとんどない。別の理由でエアコンつけると燃費が悪くなるので使わないというのが本音である。ただ雨の日で窓が曇るのはさすがに危ないので、曇ったらエアコン使おうというのが私の使い方である。

 

納車当日

エアコンの修理で夕方まで時間を要するとのことで事前に連絡があったが、こうしたことはもう任せるしかない。17時前に車ができたと連絡があり、その30分後に伺う旨を伝えた。この時間帯はほとんど車を運転することが無いので、ラッシュに遭遇するというか、こんなに混んでいるんだと驚いてしまった。自宅からも車屋さんは近いので、どの道を通れば早く行けるかを考えながら車屋さんに向かった。

お店の人は金額を事前に言った手前、加算することはできないと言ってくれて、事前の金額を現金でお支払いした。エアコンが整備されてラッキーと思っていたが、さらに驚いたのは壊れていたリモコンキーも新品になっていたので感激してしまった。そのまま渡してくれたとしても、自分で半田小手で部品を付け替えようと思っていたが、それをしなくてもよくなった。ただボタンスイッチが悪いことだけを前提としての話であるが、新品になっていたとは本当にうれしい限りだ。

 

ということで、納車までのことを記憶をたどり述べてみた。12月10日にゲットしたときは走行距離が37,773kmであった。1週間経過した12月17日は37,859kmと80㎞程運転したが軽自動車は結構しっかりした車なんだなと感心してしまった。しばらくこの車にお世話になると思うが、車検だけではなく1年点検もしながら悪いところは早めに直してしっかり維持したい。

 

今後やっていきたいことは、

  • エンジンオイルフラッシング
  • 車幅灯をLEDに変更する(前の車がそうだったので)
  • 速度と回転数を計算する(タコメータが無いので)
  • 錆びた個所をペイントする

などである。機会があればまた述べてみたい。

車について書いてみようと思う

ブログに車のことを書こうとは当初は思っていなかった。でも長年乗っていたホンダのフィット(GD1)が12月の車検を通すために修理代を含めて通常の倍以上の金額を支払うことは経済的でないということで、軽自動車に乗り換えた。

GD1フィットはインターネットオークションで11年前に購入し、奈良県の出品者のところへ取りに行ってお金を支払い愛知県に運転して持ってきたり、陸運局にもっていってナンバープレートを変えたり、警察署に車庫証明を取ったりいろいろ自分でできることは自分でやってきた。余談ではあるが2000年にホンダビガー(CC2)、2008年にトヨタウィンダム(MCV21)もインターネットオークションで購入して諸手続きを教えてもらいながらやってきた。他には2004年にこれは中古車屋トヨタカリーナED(ST202)を購入した。ということで2000年以降は新車ではなく中古車を乗り継いできて、数は少ないもののいくつかの車種を乗りながら楽しかったことを思い出す。

今回は、車検を通すに必要な金額の範囲内で軽自動車、スズキワゴンR (MH23S) を12月10日に納車した。これはスズキ車を取り扱う車屋さんで、このタイミングで年式は古いものの程度がよさそうなものがその時期にあったので、他の中古車屋さんのものと比べてよかったのでそれにした。初年度登録が平成21年ということで2009年だから、12年経過している。ただ走行距離は37,700kmと私にとってはそんなに乗ってないと思うくらいだ。前出のGD1フィットは12万キロくらいで購入し、17万5千キロくらいまで乗った経験からすればまだまだしっかりしていそうな感じがする。

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1週間程度通勤で乗ってみたが、一人で乗る分にはよく走ってくれる。12年経過して細かいところを見れば塗装が剥げているとか、錆びているところがあるとか、いろいろあるが率直にいえば12年という古さを感じさせないということだ。もちろん10年前の技術や装備は今のものに比べれば古さはあるにしても、まだまだ足腰はしっかりしていそうだ。

私が今やっておきたいメンテといってもできることは限られるが年を越すまでにはいくつかやってみようと計画している。次回は納車での話をいくつか述べてみようと思う。

SARS-CoV-2のゲノムとタンパク質

サイト PDB-101のコンテンツより。

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出典:PDB-101SARS-CoV-2 Genome and Proteins

www.DeepL.com/Translator(無料版)で翻訳しました。

SARS-CoV-2のゲノムは、ウイルスが宿主細胞に感染した後、リボソーム機構によって合成される大量のタンパク質をコードする1本のRNAである。4種類の構造タンパク質(S、E、M、N)は、RNAゲノムを脂質膜で包み込み、感染性ウイルス粒子を形成する。16種類の非構造タンパク質(Nsp 1-16)と6種類の補助タンパク質は、新しいウイルス粒子の構築と放出を促進し、細胞の防御と宿主の免疫システムからの回避をサポートする。

 

SARS-CoV-2のライフサイクル

細胞への侵入

Sタンパク質(スパイクタンパク質)は、ほとんどのヒト細胞の表面に存在するアンジオテンシン変換酵素2と結合することで、感染時の細胞への侵入をサポートする。

 

複製・翻訳複合体の生成

ウイルスの内部では、RNAゲノムがヌクレオカプシドタンパク質(N)によってパッケージされている。宿主細胞に侵入すると、このRNAが放出され、宿主のリボソームの機能的なmRNAとして機能する。まず、Orf1aとOrf1bが翻訳され、非構造タンパク質(Nsp)の大部分を含む2本の長いポリタンパク質鎖が合成される。 2つの酵素(Nsp3とNsp5)が分子のハサミの役割を果たし、ポリタンパク質を16の機能的なNspタンパク質に切断する。その後、Nspsは複製/翻訳複合体(RTC)を形成する。Nspタンパク質の中には、複合体を宿主細胞内の膜に固定するために細胞内膜を改質するものもあれば、細胞の防御機構や宿主の免疫反応を妨害するものもある。RTCの中心となるのは、RNA依存性のRNAポリメラーゼ(Nsp12)で、他のいくつかのNspタンパク質や宿主因子とともに、ウイルスのRNAを複製するために機能する。Nsp12は、他のいくつかのNspタンパク質や宿主因子とともに、ウイルスRNAの複製を行う。まず、新しいウイルスRNAの鋳型を作り、それを複数回コピーして、ゲノムRNAの新しいコピーを作る。

 

新しいウイルスの合成

新しいRNA鎖の一部は、宿主細胞のリボソームによって翻訳され、S、M、E、Nタンパク質など、新しいウイルス粒子を組み立てるための構成要素を作り出す。
この時、付属タンパク質も合成される。Mタンパク質は、まずSタンパク質やEタンパク質と相互作用して新しいウイルスの足場を作り、その後、Nタンパク質やRNAゲノムと相互作用してヌクレオカプシドを形成する。最後に、新しいウイルスは細胞の表面から芽生え、新しい細胞に感染するために放出される。

 

SARSCoV-2のゲノム配列は、2020年1月10日に公開され、2020年2月5日には、実験的に決定された最初のSARS-CoV-2の構造(メインプロテアーゼ)がProtein Data Bankのアーカイブに公開された。それ以来、PDBに登録されたSARS-COV-2の構造の数は飛躍的に増加し、2021年10月には1,500個を超えた。
図では、PDBに登録されているSARS-COV-2タンパク質の例(PDB IDで表示、例:6LU7)、PDBに登録されている他のSARS構造に基づいて開発されたモデル(PDB IDと*で表示、例:2RNK*)、およびゲノムや他の構造に基づいて開発された追加の計算モデルを示している。
ゲノムやその他の構造情報に基づいて開発された計算モデルなどがある。
これらの構造は、COVID感染のメカニズムを明らかにし、現在、ワクチンや治療法の設計に利用されている。

 

日々思うことは、別ブログに掲載

kennyheadway.hateblo.jp

 

半導体不足 (5) コネクタが昨日出荷されたようだ

コネクタが来年の夏ごろに入荷すると案内があって、もう諦めていたのだが、昨日出荷されたというメールが届いた。好意的に考えれ、製品が生産され始めて品不足が解消されつつあるかなと思うが、まだまだ先が長いようだ。

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半導体不足の話題とは離れてしまうが、コロナ渦で経済の動きが復活してくると、エネルギー不足とか、原油天然ガスの価格が上昇したりして、弊害がいろいろと出てきているようだ。世の中の動きを常にチェックしながら、半導体に限らず、モノが買えなくなるような状況を避けていきたい。

今気になっていることを挙げてみると以下の内容だ。

  • アメリカのインフレ(一時的なものだと言ってきたがずっと続いている。インフレを認めてしまうと金融緩和策を縮小し、マーケットがそれに反応して状況が変わっていく)
  • 韓国のウォン安(1ドル1,200ウォンを超えると危ないという話もあるが大丈夫か)
  • 中国のエネルギー不足(なんだかエネルギーが不足しているらしい。情報があまりオープンでないのでいささか気になる)

今が過渡期と言えるのかどうかは判断できないが、徐々に経済の復興は望んでいる。職場でも、前年比の売り上げが3割減のようで、先に花開く何かを模索しているところである。

 

ハイブリッド免疫

www.DeepL.com/Translator(無料版)で翻訳しました。

なお、文中の括弧内の数字はこの内容の参考文献である。

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abj2258

 

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)の感染に対する免疫は、国際社会にとって極めて重要な問題である。そのため、その免疫の質と期間を決定することが鍵となる。しかし、適応免疫系は複雑であり、これらの要素は、(感染によって得られる)自然免疫とワクチンによって生成される免疫とで異なる可能性がある(1)。さらに、組み合わせの問題もある。自然免疫を持つ人が、その後ワクチンを接種すると、どのような免疫が発現するのでしょうか。このような「ハイブリッド免疫」は、過去にSARS-CoV-2に感染したことのある人が、COVID-19ワクチンに対して非常に強力な免疫反応を示すという注目すべき発見があったことから、特に興味深い(2)。このことは、本号の1413ページと1418ページに掲載されているStamatatosら(3)とReynoldsら(4)の2つの研究でも例証されており、亜種に対する自然免疫反応とワクチン誘発免疫反応が強調されている。

免疫学的記憶は防御免疫の源である。SARS-CoV-2に対する自然免疫とワクチンによる免疫は、防御のための2つの異なる経路である。適応免疫系は、3つの主要な枝から構成されている。適応免疫系は、B細胞(抗体の源)、CD4+T細胞、CD8+T細胞の3つの主要な枝から構成されている。自然免疫では、SARS-CoV-2に対する免疫学的記憶が、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、記憶B細胞、抗体について、8カ月以上にわたって観察されており(5)、比較的緩やかに減少し、1年以内に部分的に安定するようである(5-7)。免疫のレベルはスペクトル上に置くことができ、症候性感染に対する自然免疫(COVID-19)は、SARS-CoV-2の懸念されるバリアント(VOC)B.1.1.7(α)が蔓延している場所を含む大規模な研究において、7~8カ月間で93~100%であることがわかっている。

 

抗体認識を大幅に低下させる変化を持つ変種(B.1.351(β)、P.1(γ)、B.1.526(ι)、B.1.617など)に対する自然免疫はあまり明確ではなく、そのような変種では再感染が多いという証拠がある(8)。ほとんどのVOCに対する中和抗体活性は、自然免疫やワクチンによる免疫では低下する。ほとんどのVOCが部分的に抗体から逃れるための変異を持っていることは、自然免疫を逃れるための選択圧の証拠である。変異体に対する中和抗体力の低下の生物学的妥当性は、ワクチンの臨床試験や観察研究から最も明確に示されている。現在使用されているCOVID-19ワクチンのうち、ChAdOx1 nCoV-19(AstraZeneca社)のワクチン効果は、B.1.351に対して75%から11%に低下した(9)。一方、BNT162b2(Pfizer/BioNTech)ワクチンは、B.1.351に対する症状のある症例に対する有効性が約95%から75%に低下し、重症化に対する防御率は97%にとどまった(10)。初期の報告では、両ワクチンともB.1.617.2(デルタ)に対する有効性のほとんどを維持していることが示唆されている。

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出典:Science Hybrid Immunity 図を翻訳

 

 

過去に感染した人にワクチンを接種するとどうなるのでしょうか?Stamatatosらの研究やReynoldsらの研究を含むいくつかの研究では、自然免疫とワクチンで生成された免疫の組み合わせによる「ハイブリッド活力免疫」という素晴らしい相乗効果が生じるという結果が得られている(図参照)。SARS-CoV-2に対する自然免疫とワクチンで生成された免疫を組み合わせると、予想以上に大きな免疫反応が生じる。

ハイブリッド免疫には、B細胞とT細胞の両方の要素があるようだ。VOCに対する抗体介在性免疫に関する重要な問題は、中和抗体の減少がVOCの本質的な抗原性の低さによるものかどうかということである。つまり、B細胞が変種の変異したスパイクタンパク質を認識することは本質的に困難なのだろうかということである。答えはノーである。B.1.351の自然感染の研究では、中和抗体反応はその変異体と祖先株に対して強固であることが示された(11)。さらに、B.1.351ではないSARS-CoV-2に感染したことのある人にワクチンを接種すると、B.1.351に対する中和抗体は、ワクチンにも感染にもB.1.351のスパイクが含まれていないにもかかわらず、感染のみの場合の約100倍、ワクチン接種のみの場合の25倍にもなった。この中和の幅広さは、Stamatatosらによって最初に報告され、その後、複数のグループによって確認されました(4、12)。SARS-CoV-2既感染者へのワクチン接種後の抗体反応の強さと幅広さは、全体的に予想外のものであった。

なぜこのような顕著な中和の幅が生じるのか。記憶B細胞が主な理由である。記憶B細胞には大きく分けて2つの機能がある。1つは、同じウイルスに再感染した際に同一の抗体を産生すること、もう1つは、抗体の突然変異のライブラリ、つまり免疫学的バリアントの備蓄をコード化することである。最初の感染に反応して作られたこれらの多様なメモリーB細胞は、将来どのようなウイルスの亜種が出現するかを免疫系が先取りして推測しているように見える。この見事な進化戦略は、SARS-CoV-2に対する免疫ではっきりと観察されている。記憶B細胞のかなりの割合が、VOCを結合または中和する能力を持つ抗体をコードしており、それらの記憶B細胞の質は時間の経過とともに高まっている(7)。したがって、SARS-CoV-2既感染者へのワクチン接種後のバリアント中和抗体の増加は、最初の感染後に生成された多様で質の高い記憶B細胞の呼び出しを反映している(7, 12)。

多様な記憶B細胞の生成には、T細胞が必要である。感染やワクチン接種に対するB細胞の進化は、胚中心と呼ばれる免疫学的な微小解剖学的構造によって支えられており、T濾胞ヘルパー(TFH)CD4+T細胞の指示により、T細胞に依存している。このように、T細胞とB細胞が協力して、変種に対する抗体の幅を生み出しているのです。さらに、T細胞は想起段階でも重要な役割を果たしているようです。記憶B細胞は、積極的に抗体を産生するのではなく、再感染時やその後のワクチン接種時にのみ抗体を産生する静止細胞です。記憶B細胞は、自然感染やワクチン接種のみの場合と比較して、ハイブリッド免疫では5倍から10倍に増加します(3, 12)。ウイルス特異的CD4+T細胞とTFH細胞は、SARS-CoV-2記憶B細胞の呼び出しと拡大、および高い抗体価の獲得に重要な役割を果たしていると考えられる(13、14)。

SARS-CoV-2の再感染に対する防御には、抗体が明らかに関与しているが、T細胞の寄与も指摘されている(1)。自然感染したSARS-CoV-2に対するT細胞の反応は非常に幅広く(1)、ほとんどのT細胞エピトープはVOCでは変異していないことから、T細胞による防御免疫への貢献は維持される可能性が高い(4, 15)。現在使用されているCOVID-19ワクチンのほとんどは、単一の抗原であるスパイクから構成されているが、SARS-CoV-2には25種類の異なるウイルスタンパク質が存在する。したがって、現在のCOVID-19ワクチンでは、CD4+およびCD8+ T細胞応答のエピトープの幅は、自然感染の場合よりも制限されている(1)一方、ハイブリッド免疫はスパイクおよび非スパイクT細胞メモリーの両方から構成されている。特に、Pfizer/BioNTech社とModerna社のCOVID-19メッセンジャーRNA(mRNA)ワクチンは、既感染者のスパイクCD4+T細胞応答を1回の免疫で大幅に高めることができる(3、4、13、14)。2回のワクチン接種後のT細胞応答の違いは、これらの人ではより多様である(3, 13)。

免疫系は、感染であれワクチン接種であれ、新たな曝露に対して、生成・維持すべき免疫学的記憶の大きさに関する費用対効果の脅威分析を行います。これには資源投入の決定が含まれる。つまり、数十年に渡って、体中の細胞やタンパク質を増やす可能性がある。このような免疫学的なコスト・ベネフィット分析に関わるすべての計算は解明されていないが、長年の経験則では、繰り返しの暴露は脅威の増大と認識される。そのため、2回または3回に分けて接種するワクチン療法が成功している。ハイブリッド免疫には、繰り返しの曝露に対する反応の高まりが明らかに関与しているが、それほど単純ではない。なぜなら、2回目の曝露(感染後のワクチン接種)に対する反応の大きさは、非感染者の2回目のワクチン接種後よりもはるかに大きかったからである。さらに、既往感染者では2回目のワクチン投与に対する反応はわずかであり、単純には予測できない免疫プラトーを示している。さらに、いくつかのSARS-CoV-2ワクチン研究における既感染者には、無症候性のCOVID-19症例と症候性のCOVID-19症例が含まれていた。このことから、ハイブリッド免疫の大きさは、過去のCOVID-19の重症度に直接比例しないことがわかった。

全体として、SARS-CoV-2に対するハイブリッド免疫は非常に強力であると考えられる。この相乗効果は、ワクチン接種後のT細胞反応よりも、主に抗体反応に認められるが、抗体反応の増強は記憶T細胞に依存する。この不一致をよりよく理解する必要があります。自然免疫とワクチン免疫のハイブリッドアプローチは、再現性のある免疫増強方法となるのでしょうか?帯状疱疹を予防するShingrixワクチンは、水痘帯状疱疹ウイルスに感染したことのある人に投与されるが、その効果は驚くべきものであり(有効率約97%)、ウイルス感染だけの場合よりもはるかに高い抗体反応が得られる。これらの原理は、ワクチンの組み合わせにも当てはまる。異種混合のプライム・ブースト・レジメンにおいて、2種類の異なるワクチンを組み合わせると、使用する順番や組み合わせるワクチンの種類にもよりますが、理由はよくわかっていませんが、どちらか一方のワクチンだけの場合よりも、実質的に強い免疫反応を引き起こすことができることが長年観察されてきました。これは、mRNAとアデノウイルスベクター、あるいはmRNAとリコンビナントタンパク質ワクチンなど、COVID-19ワクチンの組み合わせで起こる可能性があります。SARS-CoV-2の免疫学に関するこれらの最新の知見は、嬉しい驚きであり、COVID-19やその他の疾患に対するより優れた免疫力を生み出すために活用できる可能性がある。